葛城美里和赤木律子在手握四台EVA之后，毫无疑问取得了NERV的控制权，不管是RI本政府还是seele组织都不得不承认这个既定事实。
而葛城美里在回收二号机的同时也抓住了真波希。
最终真波希在葛城美里的说服下，也同意加入了NERV。
真希波和吴启哲再次见面，她对吴启哲充满好奇，竟然能在暴走的三号机中活下来，简直就是奇迹。
吴启哲自然不会和真希波过多解释，有的事情一个谎言总需要一百个谎言来圆，还不如直接不说。
很快真希波也搬到了葛城美里的家里，为了让大家住的不至于那么拥挤，葛城美里很快把住的地方搬到了一座花园别墅。
身为NERV的司令官，这点特权还是有的。
吴启哲的日常，自然伴随着五个风情万种的女性，虽然还有三个是少女，但成天日子过得没羞没臊的，别提有多快活了。
一开始真希波还被蒙在鼓里，但很快在某个夜里也失声了，她发现了这栋别墅的秘密。
但还没等她惊呼，就已经被吴启哲拉入了战团。
从此一男五女的日子彻底展开了。
不久后，第十使徒袭击NERV基地，毫无例外被吴启哲驾驶的初号机强势歼灭。
至于背后的seele组织也被吴启哲单靠个人力量给消灭了，想要查找到这个组织的位置并不难，他直接扫描一遍全球就知道了。
就算SEELE躲藏在地下核心也能被他找出来。
而在某个夜晚吴启哲来到了NERV基地，取走了朗基努斯之枪，而取走镇压莉莉丝身体的朗基努斯之枪之后，即便是只剩下身体没有灵魂的莉莉丝依然开始了暴动。
吴启哲不等莉莉丝的暴动波及周围，便直接把她收回了亚空间。
没有灵魂的躯壳即便在强大也有限，更何况她的力量已经所剩无几。
吴启哲并没有让莉莉丝的身体和凌波丽重新融合在一起的打算，不说会不会引发第三次冲击，这么大号的凌波丽实在让人不知道该怎么相处。
而且谁知道融合了莉莉丝身体的凌波丽，会不会生出某些其他想法，所以为了以防万一，还是让莉莉丝的身体和灵魂分开的好。
至于剩下的朗基努斯之枪吴启哲自然毫不客气的笑纳了。
朗基努斯之枪，也被称为“命运之矛”，具有巨大的力量，能轻易刺穿AT力场。它类似于一种红色的Eva大小的长矛。它在接近中间的地方分岔，两个岔开的轴互相缠绕形成一个螺旋，而整体上是直的。可是当它刺入目标时，它的分裂的两端又再度结合。
长枪最初被用于与亚当的“接触试验”，最后导致这个使徒的苏醒和第二次冲击。长枪从新死海被回收，用于控制莉莉斯。长枪也被用作攻击处于卫星轨道位置并在地面武器或Eva射程范围之外的第15使徒“阿拉尔”的最后武器。在被零号机掷出以后，它摧毁了使徒，但进入了绕月轨道，事实上被NERV所失去。它最后插进了月球的表面。它在“End of Evangelion”中，在第三次冲击发生以前，又从月球飞了回来。长枪在人类补完中是一个关键的部分。